FPGA’ler işlemleri yüksek hızda ve paralel olarak gerçekleştirebilen, veri depolama kapasiteli, taşınabilir, pratik, az miktarda enerji harcayan, programlanabilen lojik cihazlardır. Bu özellikleri FGPA’leri güçlü bir dijital kontrol aracı haline de getirmektedir. Bu çalışmada Manyetik Filtre (MF) performansını en yüksek seviyede tutacak bir bulanık mantık kontrolör tasarımı VHDL kullanılarak FPGA üzerinde gerçekleştirilmiştir. Gerçekleştirilen modelin test sonuçları ile MATLAB&Fuzzy Logic Toolbox’dan elde edilen test sonuçları karşılaştırılarak kontrol sisteminin doğrulaması yapılmıştır. Diğer sistemlere göre önerilen sistemin dikkate değer şekilde başarılı olduğu görülmüştür.